emscriptenでgotoって使えるの？

A. 使えます。というか clang -> LLVM bitcode -> JavaScriptという変換なのでwhileなどのループもすべてgotoで表現されたあとJSに変換するので、gotoを表現できないとループすらできません。

中身を見てみると、たとえば以下のCのコード

#include <stdio.h>

int main(int argc, const char** argv) {

    int i = (argc > 0) ? 42 : 0;

    if (i == 42) goto p;

    ++i;

  p:
    printf("i: %d\n", i);

    return 0;
}

emcc(1) でコンパイルすると3600行ほどのJavaScriptになります。main()部分は以下のとおり。

function _main($argc, $argv) {
 var label = 0;
 var tempVarArgs = 0;
 var sp  = STACKTOP; (assert((STACKTOP|0) < (STACK_MAX|0))|0);
 label = 1; 
 while(1) switch(label) {
  case 1: // main()関数の先頭
   var $retval;
   var $argc_addr;
   var $argv_addr;
   var $i; // iの宣言
   $retval=0;
   $argc_addr=$argc;
   $argv_addr=$argv;
   var $0=$argc_addr;
   var $cmp=(($0)|(0)) > 0;
   var $cond=$cmp ? 42 : 0;
   $i=$cond; // i への代入(42が入る)
   var $1=$i;
   var $cmp1=(($1)|(0))==42; // i == 42
   // ifで分岐して case 2 or 3 にジャンプ
   // label変数へジャンプ先のcase idを入れるようだ
   if ($cmp1) { label = 2; break; } else { label = 3; break; }
  case 2: // gotoする場合
   label = 4; break;
  case 3: // gotoしない場合（今回は通過しない）
   var $2=$i;
   var $inc=((($2)+(1))|0);
   $i=$inc;
   label = 4; break;
  case 4: // case 2, 3いずれもここにくる
   var $3=$i;
   var $call=_printf(((8)|0), (tempVarArgs=STACKTOP,STACKTOP = (STACKTOP + 8)|0,(assert((STACKTOP|0) < (STACK_MAX|0))|0),HEAP32[((tempVarArgs)>>2)]=$3,tempVarArgs)); STACKTOP=tempVarArgs;
   STACKTOP = sp;
   return 0;
  default: assert(0, "bad label: " + label);
 }
}

非常に読みにくいですが、もとのプログラムの変数 i は $i と表現されているようなので、それを追うとなんとなく処理はわかります。どうやらgoto文やラベル付き文でコードを分割し、while(1) switch (label) { ... }で囲ってジャンプを表現しているようですね。
printf()の呼び出しが恐ろしいことになってますが、それはまたいずれ。